Coming soon: An API for the human genome
Gholson Lyon, a geneticist at Cold Spring Harbor Laboratory recently pointed out in an article about Apple’s DNA-related ambitions that we don’t yet have a “killer app to interact with [our DNA] quickly and easily.
What’s missing is technology that democratizes access to the genome and makes it programmable. Lyon agrees; there is still a technological hurdle in that “common systems for interpreting [the genome] are lacking.”
The first wave of genomics can be characterized by the “sequencing era.” In 1990 the Human Genome Project debuted, captivating the country and the world.
Cold Spring Harbor Laboratoryの遺伝学者Gholson Lyon氏は、アップルのDNAに関する野心についての記事の中で、いまだ私たちのDNAと素早く簡単に相互作用するキラーアプリがない、ということを最近指摘した。
遺伝子へのアクセスを庶民的なものにしたり、プログラムできるようにする技術がないのだ。「遺伝子を解析する共通のシステムがない」という、技術的なハードルがいまだあることをLyon氏は認めている。
ゲノミクスの最初のブームは、「配列の時代」に特徴づけられる。1990年にヒトゲノム計画が始まり、世界中の国々を魅了した。
Cold Spring Habor研究所のGholson Lyon氏は先日AppleのDNA関連の抱負に関する記事で、我々は「迅速かつ容易に利用可能かつ画期的な[我々のDNA]アプリケーションを未だ持たない事を指摘した。
望まれているのはゲノムへのアクセスを一般化し、それをプログラム可能にする技術である。
「ゲノムを読み解くための一般的なシステム」には未だ技術的問題が残っている事についてはライアン氏も同意を示した。
ゲノム技術の最初の波は「配列時代」として特徴づけるまでになり、ヒトゲノム解析計画は1990年のデビュー以来国と世界を虜にし続けている。
A dramatic increase in the effectiveness of sequencing technology and the corresponding decrease in the cost of sequencing the human genome put personalized medicine center stage. Research focused on new genomics-driven therapies skyrocketed. A massive new industry was born.
The current “second wave” of genomic technologies leverage fast, cheap genome sequencing technology for disease treatment and therapy. This requires more and more accurate interpretations of the sequencing data, made possible by high-throughput genomic analysis engines.
A third wave is in progress now, focused on integrating genomic data with other types of data. Soon, a wide variety of health and wellbeing apps and platforms will be able to do things like connect variants to environmental, lifestyle, dietary, and activity related factors, guiding both sick and healthy people towards a fundamentally better quality of life. The promise of genomics is increasingly an everyday one.
What does this all mean? If genome sequencing is fast and cheap, analysis and interpretation are accurate, and genomic data is put into a wider context so that we can leverage insights in daily practice, many new things quickly become possible.
このことは、総じて何を意味するのか？もしゲノム配列が早くて安く解析できて解析も正確になれば、そして、遺伝子データが、われわれの日常の行いへの洞察にまで影響するほど幅広い環境に適用されるとしたら、多くの新たな物事を素早く行うことが可能になる。
このすべて何を意味するなのだろうか？ ゲノム配列決定が迅速かつ安価であり分析と解釈が正確であるなら、ゲノムデータがより広い文脈に置かれ私たちは日々の行動で洞察力を活用できるようになる。 色々の新しい事がすぐに可能になる。
The genome is in many senses a database that we have constructed and curated and built new interfaces to. As a result, it will soon be the latest addition to what has for been referred to as the API Economy.
Computer programs themselves will be increasingly able to accommodate genomics, perhaps in ways no more remarkable than how Mint.com pulls together your bank balances. It’s this piece that I’m most interested in because a whole generation of software and hardware developers will soon be able to think about personalization at a molecular level, without the need for a bioinformatics team or a PhD. This will be the fourth and perhaps final wave.
コンピュータープログラム自体が、ゲノミクスにますます適合できるようになるだろう。ひょっとしたらある程度のことは、Mint.comがあなたの銀行口座と一緒に何をどうやって引き出しているのかということに比べると特別目を引くことではないかもしれない。それは、私が最も興味があるところで、なぜなら全ての世代のソフトウエアやハードウェアの開発者は、じきにパーソナライゼーションについて、バイオインフォマティクスのチームや博士号を持つ人の助けなしで、分子レベルで考えることが可能となるだろう。これは第四の波となり、ひょっとしたら最後の波となるかもしれないのだ。
コンピュータプログラム自体もこれからますます、おそらくMint.comが銀行残高情報をまとめるくらい当たり前にゲノミクスを受け入れることができるようになる。 もうすぐソフトウェアとハードウェアの開発者の世代全体がバイオインフォマティクスチームや博士号を必要とせずに分子レベルでのパーソナライゼーションを考えることができるので、これは最も興味深いものだ。これが第四でおそらく最後の波になるだろう。
This is an exciting prospect; imagine designing new functionality that leverages a fundamental, inner truth about your user or customer in a way never before possible.
The easy objection to this vision is well articulated by the movie Gattaca, in which genomic analysis is justification for a predetermined society in which nearly all choice has been removed or obfuscated.
Every technological marvel and every transformational advance has a dystopian counterpoint, whether real or imagined. Certainly, when it comes to genomic data availability and portability, we will need to be more thoughtful and careful than ever about privacy, security, and the ethical implications of our actions. But the societal benefits are, in my opinion, large enough to motivate us to solve these issues.
For example, we are today literally programming genomic structures. It has quickly becoming possible to “edit” various genomes (human and otherwise).
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たとえば、今日、われわれは実際にゲノム構造をプログラミングしている。急速に、いろいろなゲノム (人間もその他も) を「編集」できるようになってきているのだ。
We’ve created entirely new classes of therapies using RNA interference, perhaps the most exciting new frontier in the pharmaceutical industry. In another example, a team in Philadelphia has developed a safe version of the HIV virus that it has genetically reprogrammed to destroy Leukemia cells.
On the software side, here are just a few possibilities:
* Imagine pharmacy support systems that integrate with your genome to ensure that prescription drugs are ideal for the subject, maximizing efficacy and reducing side effects.
ソフトウェアサイドではこのような可能性もあります。
＊最大の効果を得て副作用を減らす為に患者にゲノムによって最適な薬を処方する為の、薬局サポートシステムを想像してみてください。
quotationと勘違いしていました。下記に訂正させてください。
私達はおそらく製薬業界の最も最先端にあるRNA干渉を用いた画期的な治療法を開発した。もう一つの例では、フィラデルフィアのチームが遺伝子学的にリプログラムされた、人には無害で、白血病の細胞を破壊するHIV ウイルスの開発をした。
ソフトウェアサイドではこのような可能性もある。
＊最大の効果を得て副作用を減らす為に患者にゲノムによって最適な薬を処方する為の、薬局サポートシステムを想像してほしい。
* Or, what about an organ and/or bone marrow donor matching application that uses the genome to make the process of matching more streamlined and efficient?
* Would you use a recipe application that uses your genomically-available food response to adjust ingredients? How about an athletic training application that uses genetic information to adjust routines, rest periods, supplements, and diet?
* I can even imagine a world in which online role playing/MMO games use a genomic API to build worlds around each player that reference his or her molecular reality — how surreal would that be?
＊自分のゲノムに有効な料理の食材を揃えるためのレシピーアプリケーション何かはどうだろうか？日課のトレーニング、休憩の長さ、栄養補助食品や食習慣を見直すために自分の遺伝情報を活用したアスリート用のトレーニングアプリケーションはどうだろうか？
＊オンラインロールプレイングゲームや多人数同時参加型オンラインゲームの世界で、各プレイヤー達を構成する実際の分子を参考に色々な世界を作り出すためにゲノムAPIを使うことさえ想像できてしまうが、なんと超現実的なことだろうか？
あなたの遺伝的な食物反応に対して安全であるように成分調整を行うようなレシピアプリケーションを使いたくはならないだろうか？遺伝情報からルーチンワーク、休息のタイミング、サプリメント、そしてダイエットを調整してくれるアスリートのためのトレーニングアプリケーションは？
私はゲノムAPIを使ってプレイヤーの現実の情報を参照して構築されたオンライン仮想世界のロールプレイングゲームすらイメージすることが出来る。それはそれほど非現実的な話だろうか？
The third wave is playing out in front of us, and the fourth wave is coming, but it’s not widely distributed yet. We’re just starting to see the very first “APIs for the genome.” At meetups around the country, developers are rushing to familiarize themselves with molecular biology’s essential concepts. The building blocks are increasingly there, but the finished products are not.
I will nonetheless suggest that a disproportionate number of the next batch of billion-dollar businesses will be built on and around the human genome, only some of which will be “healthcare” companies.
The human genome is a determinant of risk or disease, certainly, but it is not, as Hollywood might have you believe, an irrevocable truth. As each of us comes to know and understand our own genome, we will naturally want to play to its strengths, minimize its weaknesses, combine it with other data sets, compare it to others, and leverage it to develop wholly new capabilities.
We’ve already seen hundreds of applications of genomics that Watson and Crick could never have foreseen. I’m as excited as I ever have been to see what happens when this science is made available in substantive ways to developers everywhere.
以下修正
「ゲノミクスの最初のブームは、」→「ゲノミクスの第一の波は、」