。発送担当までご注文を調査させていただきました所、下記ご注文の内、x(商品名)のみをお送りしていないことが明らかになりました。ご迷惑をお掛けし、誠に申し訳ございません。
本日、代替品を再発送させていただきます。また、お詫びと致しまして、該当の商品代金をご返金させていただきました。
When we discussed with the delivery manager, we found out that only the item x below has not been sent out to you. I am very sorry for the inconveniences this has caused you. We sent out a replacement today, and as a compensation we sent you a refund for this item.