The confidence in (or “quality” of) any particular base call associated with a given signal value is a function of where that signal falls in the distribution of signals, for a given homopolymer length.
Based on a large number of runs in which we sequenced various known genomes (Adenovirus, S. aureus, M. genitalium), as well as test fragments, and mapped the resulting reads, we determined that negative flows follow a lognormal distribution, while all positive flows are normally distributed with mean (Supplementary Figure 7) and standard deviation proportional to the underlying homopolymer length; furthermore these distributions remain remarkably invariant across different genomes and test fragments.
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Translation / Japanese
- Posted at 22 Jan 2012 at 05:24
ある与えられた信号値に関する特定のベースコールにおける信頼度（あるいは"質"）は、その信号値が、与えられたホモポリマーの長さに応じた信号値分布のうちの一点になるようなある関数となる。
様々な既知のゲノム（アデノウイルス、黄色ブドウ球菌、マイコプラズマ・ジェニタリウム）をテストフラグメントと共にシークエンシングし、読み取り結果をマップした膨大な量の実行結果に基づき、我々は負のフローは対数正規分布に従う一方、正のフローは下地のホモポリマーの長さに比例した標準分散と平均を持つ正規分布をとる（補足図７）という知見を得た。さらには、これらの分布は異なるゲノム及びテストフラグメントに対して全く不変であることが分かった。
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様々な既知のゲノム（アデノウイルス、黄色ブドウ球菌、マイコプラズマ・ジェニタリウム）をテストフラグメントと共にシークエンシングし、読み取り結果をマップした膨大な量の実行結果に基づき、我々は負のフローは対数正規分布に従う一方、正のフローは下地のホモポリマーの長さに比例した標準分散と平均を持つ正規分布をとる（補足図７）という知見を得た。さらには、これらの分布は異なるゲノム及びテストフラグメントに対して全く不変であることが分かった。
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Translation / Japanese
- Posted at 22 Jan 2012 at 09:19
与えられた信号値と関連した特定のベースコールの信頼性（あるいは「質」）は、その信号が、与えられたホモポリマーの長さで、信号分布に落ち込んでくる機能にあります。
私たちが様々な既知のゲノム(Adenovirus, S. aureus, M. genitalium)を配列決定する大規模な数のラン、そしてテスト断片及び結果の読み取りのマッピングに基づいて、私たちは、すべてのポジティブ・フローが平均値（補足図７）で正常に分布し、標準偏差が基本的ホモポリマーの長さに比例しているのに対し、ネガティブ・フローは対数正規分布に従っていることを決定しました。さらにこれらの分布は、異なるゲノムとテスト断片上できわめて一定不変なのです。
私たちが様々な既知のゲノム(Adenovirus, S. aureus, M. genitalium)を配列決定する大規模な数のラン、そしてテスト断片及び結果の読み取りのマッピングに基づいて、私たちは、すべてのポジティブ・フローが平均値（補足図７）で正常に分布し、標準偏差が基本的ホモポリマーの長さに比例しているのに対し、ネガティブ・フローは対数正規分布に従っていることを決定しました。さらにこれらの分布は、異なるゲノムとテスト断片上できわめて一定不変なのです。
