I also have a similar problem When I use the green arrow to "START WITHOUT DEBUGGING" I can make changes to code and the repeat the process, fine.
However if I want to go into "Device Programming" the Dragon is shown as still "[busy]" (from the "START WITHOUT DEBUGGING" action) so in order to connect/program I have to shut down Studio 6 and restart.
Disconnecting the USB does not always work, although I think it does SOMETIMES, restarting Studio 6 ALWAYS works.
[UPDATE, FIXED?] : So far an upgrade to Atmel Studio 6 seems to have fixed it, will update if problem recurs .
[Not fixed.] Problem came back efter several "cycles" switching between "Device Programming" & "START WITHOUT DEBUGGING" actions.
私も同じような問題があります。緑の矢印を使って「デバッグせずにスタート」を押すとコードを変更して手順を繰り返し行えます。
しかし、「デバイスプログラミング」に入ろうとするとドラゴンが表示され、「ビジー」（「デバッグせずにスタート」画面）状態となり、接続・プログラムするにはStudio 6 をシャットダウンして再起動しなければなりません。
いつもUSBを外して解決するわけではありませんが、時々は成功します。Studio 6を再起動するとかならず動きます。
「更新、修復？」：今の所Atmel Studio 6 のアップグレードで直ったようです、再度問題が起これば更新されます。
「修復不可」「デバイスプログラミング」と「デバッグせずにスタート」の切り替えを繰り返す「サイクル」のあとに問題が再発しました。
