original こんにちは。長い間お待たせして、申し訳ありませんでした。あなたのお荷物が我々の顧客から戻ってきましたので、再送いたしました。新しいUPSの追跡番号は、1990494214986です。あなたのもとに、すぐお荷物が届くよう願っています。重ねて、本当に申し訳ありませんでした。お元気でお過ごしください。
corrected 長い間お待たせして、申し訳ありませんでした。→sincere apologizeとあるため、「大変申し訳ございません」などとするとsincereのニュアンスが出てくるかと思います。↵↵あなたのお荷物が我々の顧客から戻ってきましたので、再送いたしました。→youは「お客様の」のように文脈に合わせて訳出するとより自然になるかと思います。↵→costomは「税関」を意図していたのだと思われます(通常はcustomsですが)↵→「your parcel was returned back by our costom before」の部分は荷物の到着が遅れた理由を述べています(税関で引っ掛かり、荷物が送り返された)。↵あなたのもとに、すぐお荷物が届くよう願っています。→youは「お客様」とするか、省略するとより自然になるかと思います。↵↵重ねて、本当に申し訳ありませんでした。→「重ねてお詫び申し上げます」など、定型句を当てはめるとより自然かと思われます。